W procesie aplikowania niezbędnym dokumentem jest wniosek o dofinansowanie złożony z 4 odrębnych części. Wnioski o dofinansowanie oceniane są przez niezależnych ekspertów, a następnie służby Komisji Europejskiej wyłącznie na podstawie przedstawionej przez projektodawców aplikacji.
Żadne inne dokumenty, opinie ani nawet powszechnie dostępne informacje o projektach nie są brane pod uwagę. Oceniany jest wyłącznie wniosek aplikacyjny, a nie projekt PCI. Komisja Europejska uznaje wszystkie projekty PCI za istotne dla UE.