Kluczowym elementem europejskiego planu naprawy gospodarczej jest sprawne wdrażanie polityki spójności i ukierunkowanie środków strukturalnych na najistotniejsze obszaru interwencji z punktu widzenia działan doraźnych oraz długoterminowych. Komisja Europejska zaproponowała pakiet zmian prawnych w rozporządzeniach unijnych w sprawie funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności. Do czerwca 2009 r. planowne jest zakończenie procesu legislacyjnego.
Mając na względzie coraz silniejsze oddziaływanie światowego kryzysu finansowego na gospodarkę realną Unii Europejskiej oraz konieczność szybkiego podjęcia konkretnych działań zaradczych, Komisja Europejska opublikowała komunikaty A European Economic Recovery Plan 
oraz From financial crisis to recovery: A European framework for action . W dokumentach tych wskazano szereg przedsięwzięć mających wesprzeć stabilność gospodarczą, wśród których przewidziano także wprowadzenie zmian legislacyjnych w pakiecie rozporządzeń polityki spójności. Podkreślono także konieczność zachowania dotychczas ustalonych priorytetów polityki spójności oraz skupienia inwestycji wspierających rozwój gospodarki i zatrudnienia (infrastruktura, przedsiębiorczość, kapitał ludzki). Jednocześnie wskazano na potrzebę zwiększenia dostępności oraz usprawnienia wydatkowania funduszy strukturalnych).
W ślad za wyżej wspomnianymi komunikatami, Komisja Europejska przedstawiła pakiet zmian o charakterze regulacyjnym, które były przedmiotem obrad Grupy Roboczej B.05 ds. działań strukturalnych Rady Unii Europejskiej w grudniu 2008 r. W efekcie intensywnych negocjacji pomiędzy przedstawicielami państw członkowskich i Komisji Europejskiej oraz dzięki aktywnej postawie Prezydencji francuskiej osiagnięto kompromis i przekazano pakiet propozycji zmian pod obrady Parlamentu Europejskiego:
Propozycja zmian w Rozporządzeniu Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regonalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności
-
Art. 44.2 - Instrumenty inżynierii finansowej
Zmiana wprowadza możliwość wykorzystania instrumentów inżynierii finansowej Europejskiego Banku Inwestycyjnego (EBI) lub Europejskiego Funduszu Inwestycyjnego (EFI) przez bezpośrednie udzielenie zamówienia, tzn. bez konieczności przeprowadzania konkursu lub postępowania zgodnie z przepisami o zamówieniach publicznych. Zmiana ta powinna przyczynić się do szerszego stosowania instrumentów inżynierii finansowej.
-
Art. 46.1 - Pomoc techniczna państw członkowskich
Zmiana wprowadza możliwość, by EBI i EFI na prośbę państwa członkowskiego mogły być wykorzystane w ramach pomocy technicznej, tj. działaniach z zakresu przygotowania, zarządzania, monitorowania, oceny, informacji i kontroli działalności programów operacyjnych oraz działaniach mających na celu zwiększenie zdolności administracyjnych do wdrażania funduszy.
-
Art. 56.2 - Kwalifikowalność wydatków
Zmiana wprowadza możliwość traktowania wkładu niepieniężnego, amortyzacji i kosztów ogólnych jako wydatków kwalifikowanych wg poniższych zasad:
-
traktowanie wkładu niepieniężnego jako wydatków przy utworzeniu funduszy holdingowych (w ramach instrumentów inżynierii finansowej);
-
możliwość rozliczania kosztów ogólnych na podstawie stałej stawki ryczałtowej zgodnie z dokładną, uzasadnioną i weryfikowalną metodą jej kalkulacji.
Zmiana w art. 56 ust. 2 lit. b wyjaśnia prawny status metody rozliczenia za pomocą ryczałtów zawartych w powyższej propozycji oraz w propozycji zmian art. 7 rozporządzenia 1081/2006 ws. Europejskiego Funduszu Społecznego i propozycji zmian art. 11 rozporządzenia 1080/2006 ws. Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego przedstawionych poniżej.
-
Art. 78 - Deklaracja wydatków
Zmiana w ust. 1 pozwala na uregulowanie prawnego statusu metody rozliczenia za pomocą ryczałtów dopuszczonych w art. 56 ust. 2 rozporządzenia ogólnego 1083/2006, w art. 7 ust 3a rozporządzenia 1080/2006 ws. Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego oraz w art. 11 ust. 3 rozporządzenia 1081/2006 ws. Europejskiego Funduszu Społecznego.
Zmiana w ustępie 2 wprowadza możliwość ujmowania w deklaracji wydatków do Komisji Europejskiej zaliczki stanowiącej nawet 100 proc. całkowitej kwoty pomocy publicznej udzielonej beneficjentowi (w rozumieniu Art. 87 Traktatu), zamiast 35 proc. przewidzianych w oryginalnym brzmieniu tego ustępu.
Zmiana w ustępie 4 pozwala na umieszczanie w deklaracji wydatków do Komisji Europejskiej wydatków związanych z dużymi projektami, jeszcze zanim zostały one zatwierdzone przez KE. W przypadku, gdy Komisja Europejska nie zatwierdzi wyżej wymienionych projektów konieczne będzie wówczas odpowiednie skorygowanie deklaracji wydatków do KE.
-
Art. 82.1 - Płatność
Zwiększono wielkość zaliczek na Programy w roku 2009 (dla państw członkowskich 1 maja 2004 r. lub później) z 2 proc. do 4 proc. wkładu funduszy strukturalnych do programu operacyjnego.
Propozycja zmian w Rozporządzeniu (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. ws. Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego
-
Art. 7 – Kwalifikowalność wydatków
Zmiana ta ma na celu zwiększenie zakresu interwencji Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w obszarze wydajności energetycznej mieszkalnictwa z równoczesnym rozszerzeniem jego zakresu na kraje UE-15. Do artykułu dodano ust. 1a, który umożliwia każdemu państwu członkowskiemu wydatkowanie środków na poprawę wydajności energetycznej oraz na termomodernizację w mieszkalnictwie do wysokości 4 proc. całkowitej alokacji Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Państwo członkowskie samo określa te typy budownictwa mieszkalnego, które najbardziej potrzebują takich inwestycji, biorąc pod uwagę specyficzną sytuację krajową.
Dodano ust. 3a, który umożliwia rozliczenie - w przypadku grantów - części kosztów poniesionych przez beneficjenta za pomocą trzech metod ryczałtowych: kwoty ryczałtowej, stawki ryczałtowej oraz standardowych skali kosztów jednostkowych.
Propozycja zmian w Rozporządzeniu (WE) nr 1081/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. ws. Europejskiego Funduszu Społecznego
-
Art. 11 – Kwalifikowalność wydatków
Zmiany wprowadzone do ust. 3 umożliwiają zastosowanie w przypadku grantów płatności za pomocą kwot ryczałtowych oraz rozszerzają możliwość stosowania stawek ryczałtowych poprzez wprowadzenie standardowych skal kosztów jednostkowych. Dotychczas możliwe było rozliczenie ryczałtem kosztów pośrednich zadeklarowanych ryczałtowo do wysokości 20 proc. bezpośrednich kosztów projektu.
Te trzy metody można stosować w ramach tej samej operacji pod warunkiem, że każda z nich obejmuje inne kategorie kosztów kwalifikowanych, metodologia naliczania ryczałtów jest podana do wiadomości przed rozpoczęciem naboru projektów oraz kwota ryczałtowa nie może przekroczyć sumy 50 000 EUR.
Należy zaznaczyć, że wraz z wejściem w życie nowelizacji rozporządzenia 1081/2006 wprowadzającej nowe formy rozliczania wydatków w ramach projektów finansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego, Komisja Europejska powinna wydać konkretne wytyczne w zakresie wymagań stawianych beneficjentom korzystającym z nowych form rozliczania, w celu zapobieżenia wystąpienia ewentualnych nieprawidłowości podczas implementacji nowych przepisów.
NOWE: Zmiana rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności, została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej (jako rozporządzenie Rady (WE) 284/2009 ).