Komisja powoływana przez beneficjenta końcowego do oceny merytorycznej wniosku o finansowanie projektu. Ocena Komisji stanowić będzie podstawę do ułożenia listy rankingowej projektów i rekomendowanych do akceptacji dyrektorowi instytucji beneficjenta końcowego. W skład Komisji wchodzą przedstawiciele instytucji beneficjenta końcowego. Mogą w niej także uczestniczyć niezależni eksperci powołani w ramach pomocy technicznej programu.