Certyfikacja wydatków to czynność dokonywana w ramach systemu kontroli finansowej przez instytucję płatniczą w stosunku do operacji finansowych poczynionych przez instytucję zarządzającą i instytucje pośredniczące. Ma na celu potwierdzenie, czy wydatki na rzecz beneficjentów były ograniczone do okresu dopuszczalności kosztów, realizowane były zgodnie z obowiązującymi procedurami i czy dotyczyły uzgodnionych działań.