Szesnaście Regionalnych Programów Operacyjnych (RPO), zgodnie z zasadą subsydiarności, stanowi przykład decentralizacji zarządzania procesami rozwojowymi. Przyjęcie takiego rozwiązania ma na celu przede wszystkim identyfikowanie potrzeb na jak najniższym szczeblu, po to aby działania zawarte w Regionalnych Programach Operacyjnych odpowiadały planom rozwoju każdego województwa z osobna.
Instytucja Koordynująca RPO (IK RPO) – funkcje IK RPO wykonuje Departament Koordynacji i Wdrażania Programów Regionalnych w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego. IK RPO odpowiada za koordynację przygotowania i wdrażania programów regionalnych (w tym przekazywanie i rozliczanie środków na realizację RPO) oraz koordynację zagadnień horyzontalnych istotnych dla realizacji programów.
System instytucjonalny RPO
Istotną rolę w zakresie zarządzania i wdrażania RPO pełnią zarządy województw, czyli instytucje zarządzające, które są obsługiwane przez urzędy marszałkowskie we wszystkich województwach. W przypadku niektórych RPO część zadań (np. przyjmowanie i ocena wniosków o dofinansowanie) może zostać powierzona podmiotom spoza urzędu marszałkowskiego – instytucjom pośredniczącym.
Instytucja Zarządzająca (IZ) – odpowiada za przygotowanie i realizację RPO, w tym za ocenę i wybór projektów, które uzyskają wsparcie z programu, dokonywanie płatności na rzecz beneficjentów, kontrolę projektów i monitorowanie realizacji programu. Ponadto IZ wydaje wytyczne, zalecenia i podręczniki dotyczące różnych aspektów związanych z realizacją programu oraz prowadzi działania promocyjno-informacyjne. Niektóre spośród powyższych zadań IZ może powierzyć instytucji pośredniczącej lub instytucji pośredniczącej II stopnia. Powierzając zadania innym podmiotom, IZ ponosi pełną odpowiedzialność za ich właściwą realizację.
Instytucja Pośrednicząca (IP) – podmiot publiczny, któremu IZ, w drodze porozumienia, powierzyła część zadań związanych z zarządzaniem i wdrażaniem programu (np. w odniesieniu do wybranej osi priorytetowej). W przypadku niektórych RPO funkcje IP pełnią wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej.
Instytucja Pośrednicząca II stopnia (IP II) – podmiot publiczny lub prywatny odpowiedzialny za realizację zadań odnoszących się bezpośrednio do beneficjentów (np. przyjmowanie i ocena wniosków o dofinansowanie, kontrola realizacji projektów). W przypadku RPO funkcje IP II w odniesieniu do wybranych osi priorytetowych lub całego programu pełnią samorządowe jednostki organizacyjne powołane przez IZ lub wyłonione zgodnie z procedurą zamówień publicznych podmioty spoza sektora finansów publicznych. Mogą to być np. agencje rozwoju przedsiębiorczości.
Komitet Monitorujący (KM) – do głównych zadań KM, który jest powoływany przez IZ, należy akceptacja kryteriów wyboru projektów oraz analizowanie postępów we wdrażaniu programu. W skład KM wchodzą przedstawiciele strony rządowej, samorządowej oraz partnerzy społeczni i gospodarczy (w tym organizacje pozarządowe).
Instytucja Certyfikująca (IC) – funkcje IC w MRR wykonuje Departament Instytucji Certyfikującej. Odpowiada on m.in. za certyfikowanie (potwierdzenie) Komisji Europejskiej prawidłowości poniesienia wydatków w ramach programu. Część zadań związanych z certyfikacją wydatków w ramach RPO jest delegowana do urzędów wojewódzkich (instytucji pośredniczących w certyfikacji).
Instytucja Audytowa (IA) – dla wszystkich programów operacyjnych funkcje Instytucji Audytowej pełni Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów. IA odpowiada za weryfikację zgodności systemów zarządzania programami z prawem krajowym i wspólnotowym oraz analizę, czy systemy te funkcjonują prawidłowo. W przypadku RPO część funkcji IA jest delegowanych do urzędów kontroli skarbowej w województwach.