Instytucje Zarządzające posiadają szereg kompetencji związanych m.in. z wyborem wniosków do dofinansowania, a ponadto liczne obowiązki np. w zakresie kontroli prawidłowości przeprowadzania projektów oraz kontroli realizacji całego programu. Ponadto, zobowiązane są do promowania danego programu operacyjnego i informowania o nim potencjalnych Beneficjentów. Aby znaleźć szczegółowe informacje na temat instytucji zarządzających w poszczególnych programach operacyjnych, kliknij na odpowiedni odnośnik.
Instytucja Zarządzająca może przekazać realizację części swoich zadań Instytucjom Pośredniczącym.