Instytucja Audytowa odpowiedzialna jest za ogół prac związanych z wydaniem zapewnienia, że system zarządzania i kontroli programów operacyjnych spełnia wymogi dotyczące korzystania funduszy europejskich, które zostały zawarte w Rozporządzeniu Rady Unii Europejskiej nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. Prace w ramach audytu zgodności przeprowadzane są przez Departament Ochrony Interesów Finansowych Unii, a opinię podpisuje Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej.
Do głównych zadań Instytucji Audytowej należy w szczególności:
-
prowadzenie audytów w celu weryfikacji skutecznego funkcjonowania programu operacyjnego,
-
prowadzenie audytów wybranych projektów w celu weryfikacji zadeklarowanych wydatków,
-
przedstawianie Komisji Europejskiej strategii audytu (w tym podmiotów, które będą audyt prowadzić, harmonogramu, metodologii),
-
egularne przedkładanie Komisji Europejskiej rocznych sprawozdań audytowych w latach 2008-2015,
-
wydawanie opinii, czy system zarządzania i kontroli funkcjonuje skutecznie,
-
przedłożenie Komisji Europejskiej, nie później niż do 31 marca 2017 r., deklaracji zamknięcia oraz końcowego sprawozdania audytowego.
W ramach wyżej opisanych prac Departament Ochrony Interesów Finansowych Unii Europejskiej nadzoruje, koordynuje i zapewnia odpowiednią jakość pracy urzędu kontroli skarbowej. Departament ten może wykorzystywać następujące mechanizmy kontroli:
-
wprowadzenie systemu zarządzania dokumentacją (w tym określenie kryteriów sporządzania dokumentów, a także ich standaryzacja oraz informatyzacja),
-
nadzór nad wykonywaniem prac (przypisanie pracownikom odpowiedzialności za wykonanie zadania i weryfikacja wykonania zadań),
-
przeprowadzanie corocznych kontroli jakości wykonanych prac.