Wysokość i poziom dofinansowania, które przysługuje wnioskodawcy zależy od Programu, Działania, miejsca realizacji inwestycji, typu podmiotu.
W niektórych przypadkach nie jest wymagany wkład własny osoby wnioskującej o wsparcie i wówczas cały projekt może zostać sfinansowany z Funduszy Europejskich. Zwykle wymagany jest jednak wkład finansowy. Jego wysokość zależy od tego, w ramach jakiego Programu i Działania realizowany jest projekt.
Ponadto o poziomie dofinansowania w przypadku projektów inwestycyjnych decyduje mapa pomocy regionalnej. Określone w niej zostały maksymalne wartości dofinansowania inwestycji w zależności od województwa:
-
50 proc. kosztów kwalifikujących się do udzielenia wsparcia na obszarach należących do województw: lubelskiego, podkarpackiego, warmińsko-mazurskiego, podlaskiego, świętokrzyskiego, opolskiego, małopolskiego, lubuskiego, łódzkiego, kujawsko-pomorskiego;
-
40 proc. kosztów kwalifikujących się do udzielenia wsparcia na obszarach należących do województw: pomorskiego, zachodniopomorskiego, dolnośląskiego, wielkopolskiego, śląskiego, a w okresie od 1 stycznia 2007 r. do 31 grudnia 2010 r. na obszarze należącym do województwa mazowieckiego, z wyłączeniem miasta stołecznego Warszawy;
-
30 proc. kosztów kwalifikujących się do udzielenia wsparcia na obszarze należącym do miasta stołecznego Warszawy oraz w okresie od 1 stycznia 2011 r. do 31 grudnia 2013 r. - na obszarze należącym do województwa mazowieckiego.
Wspomniane wartości zwiększa się o 10 punktów procentowych w przypadku inwestycji dokonywanych przez średnich przedsiębiorców oraz o 20 punktów procentowych w przypadku mikro i małych przedsiębiorstw. Nie dotyczy to jednak mikro, małych i średnich firm działających w sektorze transportu
Poziomy dofinansowania są określone w dokumentacji dotyczącej danego Działania, m.in. w Szczegółowych Opisach Priorytetów poszczególnych Programów. W dokumentach tych określone są również (jeśli to niezbędne) minimalne i maksymalne wartości projektu albo wartości dofinansowania, które również należy brać pod uwagę przy przygotowywaniu projektu.
Warto również pamiętać, że istnieją tzw. wydatki kwalifikowalne i niekwalifikowane. Tylko pierwsze mogą być pokryte ze środków pochodzących z dotacji. Pozostałe muszą być sfinansowane z innych źródeł.