Większość naborów wniosków o dofinansowanie odbywa się w procedurze konkursowej. Oznacza to, że wnioski, które wpłynęły do instytucji organizującej konkurs podlegają procedurze oceny. W pierwszej kolejności odbywa się ocena formalna. Wniosek jest weryfikowany pod kątem obowiązkowych kryteriów formalnych, takich jak kompletność złożonej dokumentacji, czy wnioskodawca jest uprawniony do złożenia dokumentów, zgodność z politykami Unii Europejskiej, poprawność określenia wydatków w projekcie.
Jeśli wniosek o dofinansowanie spełnia wymagane kryteria formalne (należy spełnić je wszystkie), czeka go jeszcze ocena merytoryczna. Na tym etapie sprawdzana jest treść projektu i to, w jakim stopniu realizuje on cele wskazane przez Program, z którego wnioskodawca ubiega się o środki.
W trybie konkursowym ocenione merytorycznie projekty są ze sobą porównywane pod względem zdobytych punktów. Wtedy tworzona jest lista rankingowa, a dofinansowanie otrzymują najlepsze projekty.
Kryteria oceny wniosków o dofinansowanie są różne w poszczególnych Programach, a nawet w ich częściach. Szczegółowe kryteria są udostępniane wraz z dokumentacją konkursową po ogłoszeniu naboru wniosków. Ponadto można je znaleźć w załącznikach do Szczegółowych Opisów Priorytetów poszczególnych Programów.